Juventude Esporte Clube – Praça Luiz Ribeiro, s/nº, Santos Dumont.
O Juventude Futebol Clube foi fundado em 07 de setembro de 1978 e como cores o verde, branco e o vermelho.
É um dos clubes mais antigos filiados à Liga Nilopolitana de Desportos, tinha um grupo de atletas que jogaram juntos por mais de 10 anos e sem fazer uma renovação, o clube foi obrigado a se afastar de competições da Liga para se preparar na formação uma nova equipe. Sua caracteristica principal é a de usar atletas do próprio Bairro, foi campeão nilopolitano no ano de 1989.
Grêmio de Nilópolis Futebol Clube – Rua Roldão Gonçalves, 2541, Santos Dumont.
O Grêmio de Nilópolis Futebol Clube, foi fundado em 30 de janeiro de 2002 e tem as cores azul e branca, filiado à Liga Nilopolitana de Desportos, nas competições organizadas pela Liga obteve boas classificação; é vice campeão nilopolitano de 2008.
Sarrafo Futebol Clube – Rua Ernesto Cardoso, 1026, Bairro Santos Dumont. O Sarrafo Futebol Clube, fundado em 18 de novembro de 1997, tem as cores amarela, preta e branca, se filiou na Liga Nilopolitana de Desportos em 2009, sendo o Torneio de Verão daquele ano a sua primeira competição na Liga, fez uma boa campanha, sendo eliminado nas penalidades na fase final.
Beira Rio Futebol Clube – Rua Wilson Nogueira, 522, Nova Cidade. O Beira Rio Futebol Clube, foi fundado em 01 de janeiro de 1983 e tem as cores vermelha, verde e amarela, filiado à Liga Nilopolitana de Desportos, é um clube que gosta de usar atletas de sua própria comunidade, foi campeão da Taça Cidade de Nilópolis no ano de 2006.
Esporte Clube Santa Rita – Travessa Alentejano, 179, Centro. O Esporte Clube Santa Rita, fundado em 26 de março de 1998, tem as cores azul e branca e se filiou à Liga Nilopolitana de Desportos no ano de 2001, conquistando neste mesmo ano a Taça Cidade Nilópolis.
Em 2008 obteve uma trajetória vitoriosa conquistando a Taça Cidade de Nilópolis e o Campeonato do Anchieta, uma competição que tem a participação das melhores equipe da região. Vale destacar que o atual Santa Rita nada tem a haver com o antigo Santa Rita que participou de campeonatos de profissionais na década de 70.
XV de Novembro Futebol Clube – Rua dos Operários, 138, Nossa Senhora de Fátima. O XV de Novembro Futebol Clube, foi fundado em 15 de novembro de 1959, e tem cores, o azul e o branco. Um fato interessante é que a sede do clube está localizada na Cidade de Nilópolis e seu Estádio localizado na Cidade de Mesquita, onde ficam na divisa das duas Cidades, separadas apenas por um rio.
Alguns atletas do clube apareceram no cenário esportivo, como é o caso do zagueiro Alvinho que foi jogar no EC Nova Cidade sendo campeão na 2ª Divisão em 1988 e teve atuações destacadas quando o Nova Cidade participou da 1ª Divisão e do ponta direita Léo que nos anos 60 deu muitas alegrias ao torcedores e ainda joga o seu futebol, foi nesta década que o XV de Novembro formou a melhor equipe de futebol da sua história. O XV de Novembro é tri-campeão nilopolitano de 2006, 2007 e 2008.
Esporte Clube Filhos de Nilópolis – Rua Roldão Gonçalves, 1756, Centro.
O Esporte Clube Filhos de Nilópolis é o clube e amador mais antigo de Nilópolis, fundado em 02 de abril de 1950, tem as cores verde, vermelha e branca.
É o clube mais organizado do Município superando até a clubes profissionais, entre os anos de 1996 até 2006 obteve uma trajetória vitoriosa, com um supertime de futebol, conquistando vários títulos importantes, com grande números de torcedores que são féis ao clube e com uma bela sala de troféis que é tratado com a maior dedicação pela boa diretoria e torcedores; teve no atleta Andeson com passagem pela seleção brasileira Sub-20, pelo América e pela Ponte Preta, como o artilheiro em várias competições que o clube participou.
Esporte Clube Nova Cidade – Rua Arnaldo Tavares, 262, Nova Cidade. Fundado em 10 de Setembro de 1939 pelos desportistas Joaquim de Almeida Flores, Lauro de Almeida Flores, Paulo de Almeida Flores, Mauro de Almeida Flores, Sebastião Luiz Trindade, Luiz Maria de Aguillar, Wilson Palha de Castro, João Palha de Castro, Lourival Palha de Castro, Hugo Maurício Barbosa, Ernesto Cardoso, Fernando Rodegheri, Donizetti de Oliveira, Balduino Francisco Cesar, Waldemar Arcas, João Batista Pinto, Geraldo Pedro da Silva, Genésio de Souza Barros e Jacinto Gomes Coelho.
Sua primeira sede foi instalada provisoriamente no escritório do sr. Genésio de Souza Barros, administrador do bairro que deu origem ao clube. Alguns meses depois, ao custo de CR$ 60.000,00, foram adquiridos do sr. Lincoln Rodrigues, 24 lotes de terrenos para a construção do seu estádio e eleita sua primeira diretoria, sob a presidência de Oscar Fonseca Monteiro Junior.
Vermelho e branco são as cores oficiais do clube. O Nova Cidade nas duas primeiras décadas, começou a participar de grandes competições de futebol do Estado, conquistando vitórias importantes. Em 1941, foi construído o Estádio cercado por muro de aproximadamente cinco metros de altura, com vestiários, sala de administração e torres de iluminação. No final dos anos 70 o clube entrou em decadência, muitos sócios deixaram de pagar mensalidades, as escolinhas de futebol foram sendo desativadas e os eventos sociais acabaram.
Somente na década de 80 é que o Nova Cidade voltou ao cenário do futebol, com a grande colaboração do Dr. Jacob Sessim que fez uma reforma total no Estádio e dos desportistas Julio Lourenço e Paulo Sérgio Fernandes que oficializaram a profissionalização do clube na Confederação Brasileira de Futebol em maio de 1983, ano o qual, o clube participou pela primeira vez do Campeonato da 3ª Divisão de Profissionais da FERJ. No ano de 1985, conquistou o Campeonato Estadual de Juniores da 3ª Divisão; no ano de
1986 conquistou o vice-campeonato da 3ª Divisão e teve o acesso à 2ª Divisão; no ano 1988 conquistou o Campeonato da 2ª Divisão e teve o acesso à 1ª Divisão onde permaneceu nos anos de 1989 e 1990, sendo neste ano rebaixado para à 2ª Divisão; nos anos de 1991 e 1992 participou do Campeonato da 2ª Divisão, foi no ano de 1992 que o Nova Cidade descobriu o atleta Serginho que com atuações destacadas no time, conquistou uma carreira brilhante no futebol passando pelo Itaperuna, Bahia, Flamengo, Cruzeiro, São Paulo e na Itália jogando pelo Milan.
O Nova Cidade de 1993 até os dias atuais, vive com dificuldades, pois alguns sócios deixaram de pagar mensalidades e o clube só está sobrevivendo através de alguns abnegados sócios que mantém o clube atualizado perante a legislação esportiva, alternando sua participação, ora na 3ª Divisão, ora se licenciando da competição.
Juventus Futebol Clube – Rua João da Mata Peixoto, 755, casa 01, Bairro Novo Horizonte. Foi fundado em 07 de maio de 1995, pelo Diretor-técnico Jorge Novo Horizonte que surgiu com o fim da era do time Macéio, fundado pelo mesmo. São 14 anos de muitas vitórias e conquistas, que com a ajuda de seus atletas conseguem superar muitas dificuldades. Hoje com a participação na Liga Nilopolitana de Desportos (filiado em 17 de agosto de 2001) e com filiação à FERJ (filado em 22 de agosto de 2001) são muito mais respeitados, mostrando a sua força dentro e fora de campo.
Nilópolis Futebol Clube – Rua José Couto Guimarães, 64, Paiol. Foi fundado em 11 de novembro de 1977, e tem cores, o azul e o branco. Apesar de sua sede estar localizada na Cidade de Nilópolis, o clube usa o Estádio José Alvarenga, que fica em Belford Roxo, para seus jogos.