Em 21 de Agosto de 1947, Nilópolis finalmente corta as amarras que o prendem a Nova Iguaçu, e pela Lei estadual nº 67, art. 7º do Ato das Disposições Transitórias, promulgada a 20 de junho de 1947, através da emenda proposta pelo Deputado Lucas de Andrade Figueira, ganha finalmente a sua emancipação politico administrativa.
Porém, cometeu-se nessa emancipação uma flagrante injustiça, pois sendo área de 22 quilômetros quadrados, que era a mesma da Fazenda de São Matheus, ficou reduzida a apenas 9 quilômetros quadrados, perdendo 5,60 quilômetros para Nova Iguaçu. A área de Gericinó deveu-se ao fato da não retirada da cerca construída por João Alves Mirandela que permitiu aos seus detentores derrubar a cerca interna ficando com a externa para efeito de divisa, enquanto os herdeiros do Espólio buscam na justiça a reintegração da área de 5,60 quilômetros quadrados.
Do lado de São João de Meriti, deveu-se ao fato de limitar-se a cidade pelas torres de sustentação da rede elétrica (onde esta atualmente a Via Light), quando deveria ser pela linha férrea, abrangendo Éden, Tomazinho, São Mateus e adjacências, todos do lado esquerdo, à margem da linha, e não pelas torres. E, finalmente, 1,80 quilômetros quadrados do lado de Nova Iguaçu, quando a divisa seria no Rio Cachoeira e não no Rio Sarapuí, fazendo com que se perdesse a Chatuba, que é, e deve ser de Nilópolis.
Já com a sua identidade própria, Nilópolis vê surgindo o que ainda lhe falta para deixá-la com cara de cidade, e surge a comarca, a prefeitura; forma-se a primeira Câmara de Vereadores e instala-se a Delegacia. Gonçalo e Orlando Hungria fundam, em 1952, o Jornal A Voz dos Municípios Fluminenses, que se torna o órgão oficial de imprensa do município.
Constrói-se a Igreja de São Sebastião em Olinda, o Hospital Municipal, a Academia de Letras, Fórum, bancos e o comércio se expande, tendo como destaque o calçadão da Avenida Mirandela. Em 1º de Abril de 1960 surge o Colégio Olindense, no bairro de Olinda. Os transportes começam a ficar mais organizados e a cidade passa a dispor de mais linhas ligando-a a outras cidades e à capital. Atualmente a cidade vêm se modernizando e alcançando notoriedade em todo o Estado do Rio, devido a sua crescente expansão comercial. Isso deve em muito a grandes inaugurações realizadas nos últimos 20 anos, como a inauguração da Escola de Música em 18 de Agosto de 1995.
Com a inauguração da Via Light em 15 Agosto de 1998, os moradores da cidade ficaram mais perto do Metrô da Pavuna e diminuíram o tempo de viagem até o Rio e Nova Iguaçu.
Até as eleições foram modernizadas com a adoção da Urna Eletrônica na eleição de 4 de Outubro de 1998. Com o aumento da população também surgem as preocupações com o desemprego, pensando nisso o então Secretário Estadual do Trabalho, Marco Maranhão inaugura o Centro de Oportunidades no Centro de Defesa da Cidadania em 15 de Dezembro de 1998.
E os shoppings finalmente chegaram a cidade quando em julho de 2000 o Shopping Nilópolis Square abriu suas portas no Centro. E a antes fazenda São Matheus agora pode se orgulhar de ser uma das melhores cidades em qualidade de vida do Rio de Janeiro.
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