Nilópolis foi parte integrante da capitania hereditaria de São Vicente, que pertenceu a Martin Afonso de Souza, em 1531.
Dividiu-se em sesmarias, doando grande parte a Braz Cubas, fundador de Santos, em São Paulo, constando 3.000 braças por costa do lombo do Salgado e 9.000 braças para dentro no Rio Meriti, correndo pela piaçaba de Jacutinga, habitada pelos índios jacutingas, em 1568. Nesta sesmaria incluía-se Nilópolis, São João de Meriti, Nova Iguaçu e Caxias, até as fraldas do Gericinó que depois foram se transformando em novas sesmarias e grandes fazendas.
Em 1621 esta área denominada Fazenda de São Mateus, veio a pertencer a João Álvares Pereira, com os limites até a cachoeira dos engenhos de Francisco Dutra e André São Mateus, entre a cachoeira (Rio Pioim) até a parte da Serra de Maxambomba (atual Nova Iguaçu). Em 1637 João Álvares Pereira manda construir a Capela de São Matheus, no alto da colina de Nilópolis, de barro batido (adobo) pelos índios e escravos alí existentes.
Com a morte de João Álvares Pereira, a fazenda passa para a administração de seu genro João Fernandes Pedra, que falece em 1670. Sua esposa, a sra. Merencia de Barcelos, casa-se, em 1672, com José Pereira Sarmento, que assume a administração da fazenda. Em 1700, Domingos Machado Homem, casado com Joana de Barcelos, filha do primeiro matrimônio de Merencia de Barcelos, administra a fazenda após a morte de José Pereira Sarmento. Mais tarde, em 1714, após o falecimento de Domingos Machado Homem, vítima de ferimento causado por arma de fogo, o seu filho, o Padre Matheus Machado Homem, assume a administração da Fazenda São Matheus, continuando como engenho e grande produtora de açucar e aguardente, que escoava pelo porto da Pavuna.
O envio da produção da Fazenda de São Matheus para o porto do Rio de Janeiro fazia-se por meio de carros de boi até o porto de Meriti. O caminho utilizado era uma estrada que se iniciava onde hoje se encontra a Praça Prefeito Miguel Abrão, passava pela cancela de Ignácio Serra, Thomazinho, Estação de São Matheus, posteriores, em direção aos portos da Pavuna e São João de Meriti. O transporte por meio de carros de bois, era o mais comumente utilizado por ser o mais eficiente e econômico do Brasil colonial. Com ele, além de toda a sorte de carga, também eram transportados a família dos senhores das fazendas em seus deslocamentos às vilas e cidades próximas em suas visitas, passeios e festividades religiosas. O senhor do engenho, porém, ia em seu cavalo de sela, ostentando seu poderio. Em 1747, a capela de São Matheus é elevada a matriz de São João de Meriti, dando origem a cidade, e recebe a visita do Monsenhor Pizarro em 1788, atestando o uso como curada, portanto, pronta para os atos da fé cristã.
Quando do falecimento do padre Matheus, do seu testamento constou que a fazenda tinha 1.280 braças de terra, que fazem testada no rio Pavuna, que as dividia das terras de Oliveira Braga (Engenho de Nazareth), correndo aos fundos com o rio chamado Cachoeira Pequena (Maxambomba) que divide as terras do capitão Manuel Correa Vasques; de uma banda partem as terras com o engenho da Pavuna, do capitão Ignácio Rodrigues da Silva e da outra com as terras do Capitão Manuel Cabral de Mello e do ajudante Ignácio Barcelos Machado. Após a morte do padre Matheus, a fazenda passa a ter como proprietários os seus sobrinhos, Ambrósio de Souza Coutinho e Francisco de Souza Coutinho, este último, padre como seu tio e capelão da Capela de São Matheus. E no ano de 1779, a Fazenda de São Matheus encontra-se nas mãos do alferes Ambrósio de Souza Coutinho, com a produção anual de 30 caixas de açucar e 14 pipas de aguardente, tendo uma população de 50 escravos, sendo a mais importante da região. O engenho situava-se na atual Rua Antônio José Bittencourt (anteriormente Rua Coronel Julio de Abreu) esquina da Rua Lúcio Tavares, e que através de um caminho, dava acesso a capela São Matheus, onde residiam os sucessivos proprietários da então Fazenda São Matheus.
Em 1823, o brigadeiro Ambrósio de Souza Coutinho morre e a sua esposa, Joanna Thereza de Oliveira assume as terras, que mais tarde serão administradas por seu filho Vicente de Souza Coutinho, que era juiz de Paz da Freguesia de Meriti e casado com D. Clara Augusta de Bulhões Coutinho, que em 1853, assume as terras, após o falecimento de Vicente e as vende no ano seguinte, para José Francisco de Mesquita, o barão de BomFim, após sofrer insultos de um grupo de indivíduos armados que assassinam dois de seus escravos. De 1634 até 1854 a fazenda ficou nas mãos da mesma família, ou seja foram 220 anos apenas sendo repassada para descendentes. Em 1855, 51 escravos da Fazenda de São Matheus são acometidos de um surto de cólera-morbo que mata nove deles e com isso a fazenda, recém-adquirida, transformou-se em um desastre. Os mortos eram sepultados no cemitério que ficava ao lado da capela e em razão da grande quantidade e por serem escravos, eles eram enterrados em grupos nas valas, envoltos apenas por uma espécie de mortalha, bem parecida com sacos de estopa, de cor roxa.
Com a inauguração a 29 de março de 1858 da linha de trem da E.F.D. Pedro II, cortando a fazenda com destino a Queimados, a população nativa foi abandonando as terras, não só devido ao movimento abolicionista como também por novas opções de mão de obra devido ao progresso e outras novas atividades. E as terras da Fazenda São Matheus, a partir de 1866 tinha como proprietários os capitalistas do Rio de Janeiro, o conde e o Barão de Bomfim (José Francisco de Mesquita), e por fim, o Barão de Mesquita (Jerônimo José de Mesquita), que morreu em 1886, passando a Fazenda de São Matheus a ser administrada pelo seu filho Jerônimo Roberto de Mesquita, o segundo barão de Mesquita.
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Com a abolição da escravatura, em 1888, a fazenda foi praticamente esquecida, transformando-se em um grande espaço sem utilização e, em 1892, hipotecada a Manuel Miguel Martins, o barão de Itacurussá, casado com Jerônima Elisa de Mesquita, sendo então cunhado do barão de Mesquita.
O barão de Mesquita vende dois terrenos desmembrados a Fazenda de São Matheus para Thomaz de Souza Peixoto, dando origem ao bairro de Tomazinho, em São João de Meriti. Tal venda foi autorizada pelo barão de Itacurussá, sendo representado no ato, por Pedro Rodrigues dos Santos França e Leite, seu procurador. Em 22 de setembro de 1900, o barão de Mesquita vende a fazenda à Lázaro de Almeida e João Álvares Mirandela pelo preço de 35,8 contos de réis. Da escrita consta que além das terras negociadas haviam dois imóveis, a Capela e a sede da fazenda. João Alves Mirandela e seu irmão Manuel Alves Mirandela, grandes criadores de animais para o Exército, cercaram uma área, junto a cerca da fazenda do Gericinó, até que seu enteado Vitor Ribeiro de Faria Braga, convenceu-os a desmatar a fazenda para um possível loteamento.
Foi fundada em 1637, e construída por escravos e índios. Está localizada na Rua Antônio Cardoso Leal, 241, no Centro. O prédio histórico foi tombado em 2000 na gestão do prefeito José Carlos Cunha. A Capela já serviu de instalação para a Polýclinica de Nilópolis na década de 30 e na década de 60 a capela foi utilizada como um núcleo da Legião da Boa Vontade. O templo foi construído em 1637, a mando do então proprietário da região João Álvares Pereira. Tudo leva a crer que a construção primitiva da Capela de São Matheus era de pau a pique, com cobertura de palha e piso de terra batida.
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No início do século XVIII, o padre Matheus fez grandes melhorias contruindo paredes com uma mistura de areia batida, óleo de baleia e cal de mariscos, chamada de adobe, um produto muito utilizado na época. As telhas usadas na construção eram moldadas nas coxas dos escravos, usando barro.
Passou por quatro restaurações em 1747, 1914, 1936 e 1989. Antes da última obra, o prédio se encontrava em ruínas e invadido por 48 pessoas. A Capela em estilo barroco, tem dois salões separados por um arco, isso porque na época da escravatura, os senhores das fazendas ficavam perto do altar e os escravos atrás do arco de barro.
Ao longo do tempo, peças originais, como telhas, a imagem de São Matheus, a pia batismal, o sino, duas cruzes de ferro e o altar-mor, sumiram ou foram destruídas por cupins. Ao redor da igreja existia um cemitério de escravos, onde também eram enterrados os cadáveres das pessoas miseráveis que não tinham meios para serem conduzidas à matriz, em São João de Meriti. Os ossos de 55 negros – a maioria vítima de uma epidemia de cólera em 1855 – encontram-se no Mausoléu do Escravo, inaugurado em 13 de maio de 1988, na gestão do prefeito Jorge David, junto à capela. A área em que a capela esta construída tem cerca de 2.500 metros quadrados, sendo que, destes, 112 metros fazem parte do prédio da igreja.