O primeiro prefeito nomeado interinamente pelo Governador do Estado do Rio de Janeiro, foi o Dr. Pedro da Silva Pontes, substituído por José de Oliveira, também interinamente, que a 18 de outubro de 1947, passou a pasta ao primeiro prefeito eleito do município de Nilópolis.
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João Moraes Cardoso Júnior – 1947 a 1951.
Egídio Mendonça Thuler – 1951 a 1955.
João de Moraes Cardoso Júnior – 1955 a 1959.
Alfredo de Almeida Alentejano – 1959 a 1963.
Dr. Thales do Couto (Vice-Prefeito em exercício) – 1962.
Eracydes Lima de Carvalho – 1963 a 1964.
João Batista da Silva – 1964 a 1966.
Zélio Sabino Barbosa (Vice-Prefeito em exercício) – 1966.
Francisco Gonçalves Filgueiras (Interventor) – 1966 a 1967.
João Moraes Cardoso Júnior – 1967 a 1970.
Dr. Gilberto Castro Rodriguez (Vice-Prefeito em exercício) – 1970.
Dr. Reinaldo Doile Maia (interventor Estadual) – 1971.
Dr. Sérgio Cardoso – 1971 a 1973.
Prof. Simão Sessim – 1973 a 1977.
Dr. João Batista da Silva – 1977 a 1981.
Zélio Sabino Barbosa (Vice-Prefeito em exercício) – 1981 a 1982.
Miguel Abrãao David – 1983 a 1988.
Dr. Jorge David – 1988 a 1992.
Manoel Rosa da Silva – 1992 a 1996.
José Carlos Soares da Cunha – 1996 a 2000.
Farid Abrão David – 2001 a 2008.
Sérgio Sampaio Sessim – 2009.