O Trem é o principal meio de transporte utilizado pelos nilopolitanos.
Isso se deve, ao preço mais acessível e a rapidez, além das integrações com metrô e ônibus. A cidade possui duas estações, Centro e Olinda (Av. Getúlio de Moura) e é atendida pelo ramal de Japeri. Atualmente a operadora do sistema é a SuperVia.
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Nova Iguaçu – Central (Direto)
Paradas nas Estações:
Nova Iguaçu, Pres. Juscelino, Mesquita, Édson Passos, Nilópolis, Olinda, Anchieta, Ricardo de Albuquerque, Deodoro (Estação de Transferência para os ramais de Santa Cruz e Deodoro), Madureira, Cascadura, Engenho de Dentro, São Cristóvão (Estação de Transferência para os ramais de Belford Roxo e Gramacho) e Central.
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Queimados – Central (Direto)
Paradas nas Estações:
Queimados, Austin, Comendador Soares, Nova Iguaçu, Pres. Juscelino, Mesquita, Édson Passos, Nilópolis, Olinda, Anchieta, Ricardo de Albuquerque, Deodoro (Estação de Transferência para os ramais de Santa Cruz e Deodoro), Madureira, Cascadura, Engenho de Dentro, São Cristóvão (Estação de Transferência para os ramais de Belford Roxo e Gramacho) e Central.
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Japeri – Central (Direto)
Paradas nas Estações:
Japeri, Eng. Pedreira, Queimados, Austin, Comendador Soares, Nova Iguaçu, Pres. Juscelino, Mesquita, Édson Passos, Nilópolis, Olinda, Anchieta, Ricardo de Albuquerque, Deodoro (Estação de Transferência para os ramais de Santa Cruz e Deodoro), Madureira, Cascadura, Engenho de Dentro, São Cristóvão (Estação de Transferência para os ramais de Belford Roxo e Gramacho) e Central.
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Expresso São Francisco LTDA
| 001 | 3,60 | Soares Neiva – Rodoviária (Via Sendas) |
| 002 | 3,60 | Paiol – Cabral (Via Olinda) |
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Cavalcanti e Cia LTDA – Nilopolitana
| 001 | 3,60 | Mirandela – Cabral (Via Olinda) |
| 001 | 3,60 | Mirandela – Cabral (Via Rodoviária) |
| 002 | 3,60 | Manoel Reis – Rodoviária (Via Sendas) |
| 003 | 3,60 | Mirandela – Rodoviária (Via Sendas |